國內醫院汙水的處理方法主要有兩種，一種是通過投放消毒劑對汙水進行消毒，之後將其排入城市汙水下水道中進行再處理。另一種是將汙水經過物理生化一係列工藝處理後再進行消毒處理，最後排入自然水體中。
醫院汙水當前使用較多的一體化處理設備在處理過程中引用的膜生物反應器，可以根據醫院汙水的水質來靈活配置適用的工藝流程，使醫院汙水在處理後能夠達到生活用水的標準。
膜生物反應器的工藝原理主要是將生物處理技術與膜分離技術相結合進行汙水處理的技術工藝。工藝中的膜分離設備能夠有效截留生化反應池中的大分子有機物和活性汙泥，不需要二沉池工藝，提高了活性汙泥的濃度，同時使汙泥的停留時間以及水力的停留時間都能得以控製，並且反應器內的降解能力更強，汙水中難以降解的物質在反應器中也能夠出現降解和反應。
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