一體化汙水處理設備的調試工作主要由設備生產的公司負責進行，調試時可以投入菌種以加快工作的開展，同時為了防止菌種流失的現象，需要將進水量調小並且通過風機的啟動進行曝氣操作，當設備的填料上長出了一層橙黃色的生物膜時，也就完成了填料掛膜的工作，這時可以將進水量調整至額定流量運行。填料掛膜操作完成後可以馴化A級生物池中的微生物，通過逐漸減少曝氣量的操作，將A級生物池轉化為缺氧狀態，使填料上的微生物轉變成了兼性微生物，最後再對微生物進行適應性的運轉至達到設計要求為止。
一體化汙水處理設備的維護和保養應該建立一套製度進行定期保養，設備易損部件主要是風機和水泵，需要定期檢查風機與水泵的各部分螺絲是否出現鬆動現象，填料函的鬆緊情況也要經常檢查，監測軸承的溫度以及潤滑油的油質和油量，以確保設備運行中各部位能夠正常工作。另外一體化設備所使用的消毒劑投加量以及剩餘量，都要認真檢查，必要時需進行調整或者補充；一體化汙水處理設備中的風機和水泵每運行5000-8000小時就要進行一次保養和維修，以保證設備的安全有效運行。
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