醫院汙水處理方式的選擇主要是受汙水來源、汙水流向、以及當地的實際供水情況等多方麵因素的影響，但是無論采用哪種處理方式，在醫院汙水的處理流程中非常重要的一點，就是必須要將汙水進行消毒處理。因為在醫院汙水中通常含有大量的病毒、細菌和蟲卵等致病病原體，還有化學藥劑和放射性元素的汙染，汙水具有一定的空間傳染、急性傳染和潛伏性傳染的性質，對周圍環境和人體造成的危害較大。在醫院汙水的處理工藝中，進行消毒處理的主體可以采用臭氧消毒，臭氧消毒的殺菌機理主要是通過破壞和氧化水中微生物的細胞膜、細胞質、以及酶係統和核酸的方式，將細菌和病毒等病原體迅速滅活。研究發現臭氧消毒在醫療機構汙水處理的實際應用中，殺滅水中病原性微生物、細菌和病毒等的效率高達99%以上，且不會對周圍的環境造成二次汙染，還可以長時間的連續進行工作。將經過臭氧消毒處理後的廢水提升至工藝中的過濾係統中進行進一步的過濾淨化處理後，汙水就可以達標排放。
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