在醫院汙水的處理過程中，設有傳染病類的綜合性醫療機構中的廢水應該將傳染病科室中的汙水分開進行單獨處理；若有不能分開的現象時，可納入全院汙水處理係統中，但是監測過程需要按照相應的要求去操作。在處理具有傳染性醫療機構的廢水時要求接觸池出口的總餘氯應在6.5～10mg/L之間，糞大腸菌群應≤100MPN/L，同時不能在其中檢測出腸道致病菌和腸道病毒、以及結核菌等；而綜合性的醫療機構廢水處理的接觸池出口排放標準要求，總餘氯應在3～10mg/L之間，糞大腸菌群應≤500MPN/L，同樣的不能在其中檢測出腸道致病菌和腸道病毒、以及結核菌等；預處理過程中的標準則是總餘氯應為2～8mg/L，糞大腸菌群應≤5000MPN/L。
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