醫院排放的汙水中通常含有大量的細菌、病毒等致病因素，若放任醫院汙水肆意排放的話，會嚴重影響周圍環境和居民的身體健康，所以必須對醫院汙水進行適當的處理。醫院汙水的處理步驟主要有以下幾點：
1、醫療汙水的處理必須要通過格柵過濾、集水井沉降，汙水在固液分離以後，液相汙水進入水解酸化池開始處理，通過水解產酸菌的作用，將汙水中的不溶性有機物質水解成為可溶性有機物質，同時能把大分子有機物質分解成小分子有機物質，並去除水中的部分可溶性有機物，提高了汙水的可生化性，為後序快速降解有機物創造更加有利的條件；
2、經過水解酸化後的汙水依次進入貧氧池、接觸氧化池、以及二次沉降池內循環，使廢水能夠在缺氧、富氧循環變換的環境中，完成脫氮-就是將水中的有機氮轉化為氨氮，主要是通過好氧微生物硝化菌作用將氨氮轉化為亞硝態氮、硝態氮，然後再通過厭氧微生物反硝化菌將亞硝態氮、硝態氮轉化為氮氣，使其從汙水中逸出；除磷-就是利用了聚磷菌在缺氧環境中釋磷，而在富氧環境中過量吸磷的特性，形成了具有較高含磷量的汙泥；降解有機物-就是在水解酸化的基礎上，再利用好氧微生物富氧環境中快速繁殖的特性，以及厭氧微生物在缺氧環境中快速繁殖的特性，輪番降解汙水中的有機物，將其轉化為汙泥。
3、醫院汙水的最終處理是必須將其進行消毒，達到規定的排放標準才能進行排放;
4、最後就是將產生的汙泥進行定期清除。
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